Blessé par un monstre, le jeune guerrier Ashikata est condamné à une mort aussi lente que certaine. Obligé de quitter son village, il part à la recherche d'un remède. Il arrive bientôt aux abords d'une forêt dans laquelle des animaux géants livrent une guerre sans merci aux humains des environs. C'est là qu'il rencontre San, Princesse Mononoké, une jeune fille élevée par des loups.