Yamato vient d'avoir un aperçu du futur de 2989 dans lequel il combat à nouveau le puissant Dunstan, mais cette fois-ci aux côtés des dôji du Mal ! À son immense surprise, il découvre la véritable identité de Makoto, dernier rempart caché que Dunstan a dressé contre eux. De retour dans le Japon en ruines de 1947, il va devoir surmonter son abattement pour prendre une terrible décision s'il veut aiguiller l'avenir sur la bonne voie !