Malgré de nombreuses pertes, le club des dôji du Bien se réorganise. Yamato retrouve ses frères d'armes d'il y a 900 ans, et Makoto ainsi que ses camarades sont mises en lieu sûr par Musashi, en vue du rôle capital qui va bientôt leur incomber. Les dôji du Mal, eux aussi, se rassemblent, mais sont interrompus par leur créateur. Dunstan, escorté par l'omnipotente "Universal Miryû", compte bien leur imposer ses règles et sa propre vision du Choc des cent machines.